De wetenschap van de PNI is gebaseerd op de ontdekking dat elk menselijk orgaan en elke afzonderlijke cel voortdurend communiceert met andere organen en cellen en elk mens als zodanig een ‘netwerk’ is van communicerende systemen. daarnaast maakt de mens ook deel uit van een netwerk van sociale structuren die ook invloed hebben op het interne communicatie systeem. 

De communicatie kan verstoord raken. Als dat te lang of te vaak gebeurt ontstaan er verstoringen of klachten en symptomen. Een gezonde natuurlijke leefstijl is een belangrijke voorwaard voor het goed functioneren van deze systemen. Stress, slechte voeding en verkeerde beweging (fysieke inspanning) kunnen het totale systeem ontregelen.

Een simpel voorbeeld is de regulatie van de bloedsuikerspeigel. Het lichaam zorgt ervoor dat de suikerspiegel niet te hoog of niet te laag worden. Om de suikerspiegel niet te veel te laten stijgen is insuline nodig. Eten we nu veel of vaak voedsel dat voor hoge suikerspiegels en dus hoge insulinespiegels zorgt dan wordt het communicatiesysteem behorende bij insuline verstoord. Insuline heeft namelijk veel meer functies dan alleen het reguleren van de suikerspiegel. Zijn de insulinespiegels onnatuurlijk lang te hoog dan worden deze andere functies van insuline ook beinvloed.

Het lichaam is ontworpen om binnen bepaalde marges te functioneren. Door onze huidige leefstijl worden deze grenzen vaak overschreden. Is er dan een zwakke plek in het systeem dan kan dat de trigger zijn voor het ontstaan van problemen. 

Gestart door Rober Ader als een wetenschappelijk experiment binnen de klinische psychiatrie, heeft de PNI zich verder ontwikkeld op basis van de wetenschappelijke onderzoeken, uitgevoerd door onder andere Andrew Miller, Charles L. Raison, Loren Cordain, Frits Muskiet e.v.a. Het interdsiciplinair onderwijs van Bram van Dam en Leo Pruimboom hebben de integratie van de PNI in de dagelijkse praktijk mogelijk gemaakt. De toenemende deskundigheid binnen dit specifiek vakgebied wordt ondersteund door verschillende internationale publicaties en vakliteratuur.

kPNI is een internationaal verspreidde discipline binnen wetenschappelijk onderzoek en wordt ondersteunt door o.a. de PNIRS.